一、碱变性法提取质粒DNA
质粒（Plasmid）是细菌染色体外能自身独立复制的双股环状DNA。带有遗传信息，可赋予细菌某些新的表型。将质粒指纹图谱分析方法、质粒DNA探针技术及检测质粒的PCR技术用于临床感染性疾病的诊断和流行病学调查已成为现实。质粒作为载体在基因工程中起着重要的作用。
分离和纯化质粒DNA的方法很多，但这些方法基本包括三个步骤：即细菌的培养和质粒DNA的扩增，细菌菌体的裂解；质粒DNA的提取与纯化。
本实验学习用碱变性方法提取质粒DNA。


原理
细菌培养物加入SDS和NaOH碱性溶液处理后，菌体裂解，可使细菌的质粒DNA、染色体DNA和RNA一起从细胞内释放出来，经琼脂糖凝胶电泳，因各种核酸分子的迁移率不同将上述核酸分成不同的带。用溴化乙锭（EB）染色后，在紫外线灯下可看到各种核酸带发出的荧光。根据荧光的位置，可区分不同的核酸带。


材料
1.菌株E.coliJM109（pUC19），E.coliRRI（pBR322）
2.试剂溶液Ⅰ（50mM葡萄糖，25mMTris.HclPH8.0，10mMEDTA）
溶液II（0.2NNaOH，1%SDS）用前新配制
溶液III（5mMKAc溶液PH4.8）
TE缓冲液（10mMTris.HCl，1mMEDTAPH8.0）
LB液体培养基（胰蛋白胨10g，酵母粉5g，Nacl10g。加蒸馏水溶解，用NaOH调PH至7.5，加水至1000ml，15磅高压灭菌15分钟）。


方法
1.接种细菌于5mlLB液体培养基中，37℃培养过夜。
2.3000rpm/min，离心15min，弃上清。加入100ul溶液Ⅰ悬起细菌沉淀。
3.加入200ul前新配制的溶液II，颠倒EP管5次混合均匀，置冰浴2min。
4.加入150ul溶液III温和地混匀，12000rpm/min,离心5min。
5.吸取上清清亮裂解液放入另一新EP管中，加等体积酚-氯仿-异戊醇抽提2次，12000rpm/min，离心2min。（若不做酶切，此步可省略）吸取上清放入另一新EP管中，加入二倍体积的冷乙醇，12000rpm/min，离心10min。
6.弃乙醇，干燥后用30ulTE缓冲液洗下核酸，待电泳检测。


二、琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖凝胶电泳技术（Agarosegelelectroghoresis）是分离、鉴定和提纯DNA片断的有效方法。凝胶分辨率决定于使用材料的浓度，并由此决定凝胶的孔径。琼脂糖凝胶可分辩0.1~6.0kb的双链DNA片段。琼脂糖凝胶电泳是一个电场作用。它首先利用琼脂糖的分子筛效应，此外，在弱碱性条件下，DNA分子带负电荷，从负极向正极移动。根据DNA分子大小、结构及所带电荷的不同，它们以不同的速率通过介质运动而相互分离。借助溴化乙锭（EB）能与双链DNA结合的作用，利用EB染色，并通过紫外线激发即可观察被分离DNA片段的位置。


材料
1.琼脂糖、10×TAE电泳缓冲液（40mMTris，20mMNaAc，1mMEDTAPH8.0）
2.载体缓冲液（0.25%溴酚蓝，30%甘油）、溴化乙锭水溶液（10mg/ml）
3.凝胶槽、电泳仪


方法
1.取琼脂糖0.9g，加入100ml1xTAE电泳缓冲液于250ml烧瓶中，100℃加热溶解。
2.平衡凝胶槽，放好两侧挡板，调节好梳子与底板的距离（一般高出底板0.5~1mm）。
3.铺板：在溶解好的凝胶中加入终浓度为0.5ug/ml的溴化乙锭水溶液，轻轻混匀，待冷至50℃左右倒入凝胶槽，胶厚一般为5~8mm。
4.待胶彻底凝固后，去掉两侧挡板，将凝胶放入盛有电泳液的槽中（加样孔朝向负极端，DNA由负极向正极移动），使液面高出凝胶2~3mm，小心拔出梳子。
5.DNA样品与载体缓冲液5：1混合并加入凹孔中（样品不可溢出）。
6.打开电源，调节所需电压，电压与凝胶的长度有关，一般使用电压不超过5v/cm。
7.据指示染料移动的位置，确定电泳是否终止（溴酚蓝的涌动距离在5sRNA和0.3kbDNA带之间）。
8.电泳完毕关闭电源。将凝胶放紫外灯下观察并拍照。

原创作者：上海远慕生物科技有限公司