相信大家作为实验小白,刚进实验室时,学的个实验就是提
质粒。
想当年我们作为化学转生物的研究生刚进实验室时,觉得好酷炫的技术,跟在师兄后面,认真的对每一步的步骤都做好笔记,后来才发现你自己不过是做了一份手写版的说明书。
接下来的 N 年里,就是转化,涂板,挑单克隆,摇菌,提质粒,酶切,连接,好想能够有一个提质粒机器人,实现自动化生产。当我们习惯了省时省力,或许我们都已经连提取的原理都已经忘了。
那么如何避免成为一个机器人呢,我想不仅仅是要提的出质粒,还要在出现问题时知道如何找到原因并解决,这样你就可以被称为人工智能,简称 AI。
质粒是携带外源基因进入细菌中扩增或者表达的重要媒介,常用的方法有煮沸裂解法,碱提法等。而我们常用的 kit 是采用碱提法。
不同品牌的
试剂盒具体操作步骤可能不同,但这个万变不离其宗,基础知识点还是不变的。
菌体在强碱性条件下裂解,释放出包括质粒在内的核酸,
蛋白等物质。
当 pH 恢复中性时,共价闭合环状质粒 DNA 复性快,而线性的染色体 DNA 复性缓慢,细菌蛋白质、破裂的
细胞壁和变性的染色体 DNA 会相互缠绕成大型复合物,而后者被十二烷基硫酸盐包盖。
当用钾离子取代钠离子时,复合物会从
溶液中有效地沉淀下来,离心除去变性剂后,就可以从上清中回收复性的质粒 DNA。
未提出质粒或者得率较低?
1、菌。用错板子导致菌没有长起(抗生素的种类和浓度)
摇过夜一不小心第二天忘记了此时多半菌液老化
2、碱裂解不充分。高速离心收菌倒掉上清后,能弹弹弹(弹不走鱼尾纹)
3、溶液使用不当。看清哪些溶液应加热到一定的温度才能使用;哪些又是应该 加入醇之后使用
4、拷贝数较低或者菌体中无质粒。低拷贝数载体常常导致质粒 DNA 提取量过低;质粒在某些菌体中经过多次转接可能出现丢失;
基因组 DNA 或蛋白质污染!
1、加溶液 2 后不要剧烈摇晃,溶液 2 处理时间不能太久,一般颠倒 6-8 次即加溶液 3 中和,碱裂解时间过长容易产生基因组污染;
2、加溶液 3 后要混合充分,离心后取上清小心不要吸到白色沉淀;
3、不要使用过多菌体。溶液 P1、P2、P3 处理并离心后溶液应为澄清的,如果还混有微小蛋白悬浮物,可再次离心。
不过我们也不能死搬硬套,也要学会融会贯通,举一反三,当出现超出大纲范围的题目如出现 15kb 的大型质粒,这时要注意采用温和的方法(溶菌酶法),因为剧烈的方法容易使它受到破坏。
俗话说的好,每日一提,强身健体。不过小提怡情,大提还需谨慎啊,当听说曾经发生过由于没有配平而出现
离心机直接旋出甚至将天花板损坏的壮观场景,你们能想象我如今坐在高速离心机旁边的心情吗,(幸好我买了保险)。
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