RNA结合蛋白在转录后的剪接加工、修饰、转运、细胞定位、稳定性、翻译和降解等RNA代谢过程中发挥着重要的调控功能，但其在转录水平的调控功能和机制尚未有系统的研究。

来自武汉大学医学研究院，加州大学圣地亚哥分校的研究人员发表了题为“Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-based Regulation of Transcription”的文章，通过ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）技术大规模检测了63个有细胞核定位的RNA结合蛋白与染色质的相互作用，意外地发现约60%的RNA结合蛋白与染色质有广泛的相互作用，并且富集在基因启动子和增强子区域。

这一研究发现公布在6月27日的Cell杂志上，文章的通讯作者为武汉大学医学研究院、免疫与代谢前沿科学中心肖锐研究员（同为作者）与美国加州大学圣地亚哥分校（UCSD）付向东教授。
 

研究人员通过ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）技术大规模检测了63个有细胞核定位的RNA结合蛋白与染色质的相互作用，发现约60%的RNA结合蛋白与染色质有广泛的相互作用，并且富集在基因启动子和增强子区域。
 

更令人惊讶的是，该研究虽然只检测了人类基因组中一小部分的RNA结合蛋白（<5%），却发现约40%的活性染色质区域和约70%的活性启动子区域都存在RNA结合蛋白的特异性结合，这提示RNA结合蛋白在染色质水平存在着广泛的功能和作用。随后，通过GRO-seq（Global Nuclear Run-On测序）实验证实，部分RNA结合蛋白具有强烈的转录调控作用。
 

这项研究还重点阐释了RNA结合蛋白RBM25通过调控转录因子YY1与染色质的结合，进而调控染色质结构和转录激活与抑制的分子机制，全面展示了特异性的RNA结合蛋白介导的转录因子YY1的功能调控作用。整个发现提出了RNA结合蛋白作为转录因子或辅助因子调控转录的新概念，也开辟了RNA结合蛋白功能研究的新领域。