随着测序等技术的发展，人们对微生物多样性的认识也越来越全面，并发现有很多环境中存在的微生物并不能在固体培养基上生长。长期以来，研究人员一直试图找出限制微生物生长的因素，希望从环境样品中尽可能多的分离培养高多样性以及新微生物物种。目前比较广泛应用的方法包括:微生物的原位培养，微流控技术，以及配制不同营养成分的培养基以更好地让微生物们在培养基上生长等。但是在实践中，研究者发现总的微生物数量和可培养的微生物之间经常存在着差异，一般我们把这种现象叫“平板计数异常”。有研究者估计只有1%的土壤细菌才能被培养，并且我们还需要准备成百上千种不同的培养基，来应对不同微生物的生长需求。

为什么大多数的微生物如此难培养呢？
部分微生物生长缓慢
在培养基上不形成克隆
它们需要一些未知的养分或者生长因子
依赖其它微生物或者宿主细胞共生
产生对自身作用的毒素
部分微生物是寡营养类型，高营养会致死
它们在休眠期
它们需要持续供给生长底物
但即使这样，依靠稀释涂平板方法获得微生物类群种类还是比较低，为什么许多微生物不在琼脂培养基上生长呢？

培养基制备要求：
培养基制备的质量将直接影响微生物生长。因为各种微生物对其营养要求不完全相同，培养目的的不同，各种培养基制备要求如下：
1、根据培养基配方的成分按量称取，然后溶于蒸馏水中，在使用前对应用的试剂药品应进行质量检验。
2、PH 测定及调节：PH测定要在培养基冷至室温时进行，因在热或冷的情况下，其PH有一定差异，当测定好时，按计算量加入碱或酸混匀后，应再测试一次。培养基 PH值一定要准确，否则会影响微生物的生长或影响结果的观察。但需注意因高压灭菌可影响一些培养基的 PH 降低或升高，故不宜灭菌压力过高或次数太多，以免影响培养基的质量，指示剂、去氧胆酸钠、琼脂等一般在调完PH后再加入。
3、培养基需保持澄清，便于观察细菌的生长情况，培养基加热煮沸后，可用脱脂棉 花或绒布过滤，以除去沉淀物，必要时可用鸡蛋白澄清处理，所用琼脂条要预先洗净晾干后使用，避免因琼脂含杂质而影响透明度。
4、盛装培养基不宜用铁、铜等容器，使用洗净的中性硬质玻璃容器为好。
5、培养基的灭菌既要达到完全灭菌目的，又要注意不因加热而降低其营养价值，一般121℃15min即可，如为含有不耐高热物质的培养基如糖类、血清、明胶等，则应采用低温灭菌或间歇法灭菌，一些不能加热的试剂如亚碲酸钾、卵黄、TTC、抗菌素等，待基础琼脂高压灭菌后凉至50℃左右再加入。
6、每批培养基制备好后，应做无菌生长试验及所检菌株生长试验。如果是生化培养 基，使用标准菌株接种培养，观察生化反应结果，应呈正常反应，培养基不应贮存过久，必要时可置4℃冰箱存放。
7、目前各种干燥培养基较多，每批需用标准菌株进行生长试验或生化反应观察，各种培养基用相应菌株生长试验良好后方可应用，新购进的或存放过久的干燥培养基，在配制时也应测PH，使用时需根据产品说明书用量和方法进行。
8、每批制备的培养基所用化学试剂、灭菌情况及菌株生长试验结果、制作人员等应做好记录，以备查询。