单细胞分选技术，即利用优化后的高通量测序技术分析每一个单个细胞的序列信息，从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。

那么问题就来了：

1.如何获得单个细胞？如果无法获得单个细胞这一切都是不成立的。

2.如何获得大批量 的单个细胞？单组织细胞群体在10E6以上，如果被检测的测序细胞数量过小精确度不足。

3.如何低成本地获得大批量单个细胞？单细胞测序成本高，尤其是需要测2000~3000个以上的细胞的时候，如果单个细胞的分选成本也很高，技术根本无法普及。

众所周知传统的生物学分析方法常见的研究对象就属群体细胞了，可这么一来使得细胞之间的生物学差异可能会相互掩盖，生物信息容易消失在大背景中。由于基因随机表达的细胞异质性，很难解释细胞和细胞之间的在转录和翻译水平的差异，所以在单细胞层面研究基因组学、表观基因组学和转录组学就显得尤为重要了。

但要通过流式分选出足够多的符合要求的单细胞进行下游实验并没有那么容易。下面三方面是必须要考虑的问题：

1、活性

细胞活性状态对后续实验而言很重要，就拿转录组分析为例，高通量表达谱芯片技术需要高质量的RNA样本，细胞活性不好或死细胞会直接导致RNA降解，实验无法继续。

2、精度

流式分选是精密度超高的仪器，稍稍不同的参数（激光、液流等）的设置都会直接造成结果偏差；另外既然是想研究单细胞，那么就得确保单细胞分选得到的确为单个细胞，否则同样没有意义。

3、效率

自动化替代人工无疑是提高效率、节省成本的有力举措；当你需要分选超低含量的细胞时，务必是个长时间工程，鞘液用光时，其更换繁琐度、耗时、连续性等都是需要考虑的