影响质粒提取的因素：

质粒提取的得率和质量与很多因素有关，如宿主菌的种类和培养条件、细胞的裂解、质粒拷贝数、质粒的稳定性、抗生素、吸附柱的吸附量等。

宿主菌种类

质粒主要存在于细菌、放线菌和真菌细胞中，多数情况下我们是从大肠杆菌中提取质粒。大肠杆菌的菌株不同会影响质粒提取的质量。从宿主菌如DH5α和*0中可以得到高质量的质粒DNA。HBl01和它的衍生菌株，如TG1和JM系列会在裂解时产生大量的糖类，如果没有完全去除，将抑制后续实验中的酶活性，影响质粒DNA提取的质量。另外，有些菌株有非常高的内切酶活性，会降低DNA的得率。因此推荐使用DH5α和*0来提取质粒DNA。

培养时间

从固体培养基平板上挑取一个单菌落，接种到培养物中（含有相关抗生素的液体培养基中），振荡培养12-16小时。不应超过16小时，因为这时细胞开始裂解，使得质粒的得率降低，也会导致质粒丢失或质粒变异。

质粒扩增

氯霉素能抑制宿主细胞蛋白质和DNA的合成，但对松弛型质粒的复制没有影响。因此，在细菌培养液中加入氯霉素可提高松弛型质粒的拷贝数。由于氯霉素抑制了宿主细胞蛋白质和DNA的合成，从而抑制了染色体的复制，但质粒复制所用的酶半衰期较长，故质粒仍可继续复制，这样既可增加质粒产量，又可降低细胞的数量，使细菌裂解液的粘度降低而便于操作。常用于扩增的氯霉素浓度为170ug/ml 。

抗生素

在菌株的各生长阶段都应加入抗生素筛选。现在用的许多质粒都不含有在细胞分裂时确保平均分配的par位点，无质粒的子细胞在无抗生素时复制速度远大于含质粒的细胞。