1.混有蛋白：不要使用过多菌体。经溶液P1、P2、P3处理，离心后溶液应为澄清的，如果还混有微小蛋白悬浮物可再次离心去除后再进行下一步骤。

2. 混有RNA：RNaseA处理不彻底，请减少菌体用量或加入溶液P3之后室温放置一段时间。如果溶液P1已保存6个月以上，请在溶液P1中添加RNaseA。

3. 混有基因组DNA：加入溶液P2和P3后应温和混匀，如果剧烈振荡，可能把基因组DNA剪切成碎片从而混杂在质粒中。如果加入溶液P2后过于粘稠，无法温和混匀，请减少菌体用量。细菌培养时间过长会导致细胞和DNA的降解，培养时间不要超过16小时。

4. P3溶液加入时间过长：P3溶液加入后，放置时间不要太长，否则有可能会产生小片段DNA污染。

5. 含大量核酸酶的宿主菌：宿主菌含大量核酸酶，在质粒提取过程中降解质粒DNA，影响提取质粒DNA的完整性，好选用不含核酸酶的大肠杆菌宿主菌，如DH5α和Top10。

6. 质粒的二聚体和多聚体形式：质粒复制过程中形成的，与宿主菌相关，电泳可检测出多条条带，单酶切处理后可变成单一条带。

处理提示：

1、购买后，请务必确认标签上的注意事项。

2、做好预防颠倒，摔坏的措施和管理体制。

3、在使用再次确认标签上的注意事项。做好必要的安全对策。

4、对没有标明其危险特性，有害特性的，也要慎重地进行操作。

5、必须戴好防护用具，小心翼翼进行操作。

6、请参照相关法规，文献，MSDS等信息，理解并掌握好试剂的特性，再进行安全操作。

7、通常购买试剂时要想到一次性用完。若估算不足有剩余的话，要更加注意其保管和管理。

8、万一试剂操作者并非业技术人员。必须在业人士的指导监督下进行操作。

9、对于使用后的废弃物，不要或旧的试剂，应按照相关法律法规正当处理。