1.递减PCR(touchdown PCR)：几循环温度逐渐下降。

2.逆转录PCR(RT-PCR)：以由mRNA逆转录而来的DNA为模板，由此产生出来的DNA不带有内含子(基因中不具意义的段落)，常应用于分子克隆技术。

3.热启动PCR(hot start PCR)：以高热活化型核酸聚合酶进行反应，减少非一性产物。

4.即时PCR(real-time PCR)：PCR过程中利用萤光探针或染料定量检测，又称定量PCR(quantitative PCR)。

5.巢式PCR(nested PCR)：先用低特异性引物扩增几个循环以增加模板数量，再用高特异性引物扩增。

6.多重PCR(multiplex PCR)：在同一个管中使用多组引物。

7.复原条件PCR(reconditioning PCR)：PCR产物稀释10倍后重新放入原浓度的引物和dNTP等循环3次，以消除产物中的异二聚体。

8.dsRNA合成(dsRNA replicator)：合并使用high-fidelity DNA polymersae、T7RNA聚合酶与Phi6 RNA replicase；从双股DNA转录为对应的双股RNA(dsRNA)。可应用于RNAi实验操作。

9.COLD-PCR(co-amplification atlowerdenaturation temperature-PCR):用以检测突变或特殊等位基因的PCR应用技术。