PCR测定支原体实验步骤
阅读次数:364 发布时间:2023/5/4 10:12:56
实验材料: Taq DNA多聚酶引物 阳性对照 DNA脱氧核苷三磷酸 混合物三磷酸 琼脂糖1.3%TAE胶
试剂、试剂盒: 磷酸缓冲盐溶液液 Tris醋酸 EDTA6×加样缓冲液 引物储备液
仪器、耗材: DNA抽提和纯化系统基质的DNA抽提试剂盒 热循环仪
实验步骤
一、DNA 标本的收集和制备
1. 需要检测支原体污染的细胞系,在收集样品数天或至少在解冻后两周内,不能加任何抗生素。应保证支原体在培养上清中的效价在 PCR 测定范围之内。
2. 收集 1 ml 贴壁细胞或悬浮细胞的培养上清液。这样收集的标本包含活的或死的细胞,其优点是一些支原体会明显地黏附在真核细胞上,甚至侵入细胞中。上清液可贮存在4°C 数天或 -20°C 数周。在样品溶化后,应立即操作。
3. 上清液在 13000 g 离心 5 min,将沉淀用 1 ml D-PBSA (D-PBSA (磷酸缓冲盐溶液液):137 mmol/L NaCl,2.7 mmol/L KCl,8.1 mmol/L Na2HPO4,1.5 mmol/L KH2PO4,pH 7.2;121℃,20 min 高压灭菌)重悬浮,涡旋混匀。
4. 再次离心悬浮液,用 D-PBSA 冲洗一次以上,如步骤3。
5. 离心后的沉淀用 100 μl D-PBSA 重新悬浮,涡旋混匀,然后加热至90°C,15 min。
6. 在分解细胞后,采用标准酚/氯仿抽提法、乙醇沉淀法或其他 DNA 抽提方法立即抽提 DNA 。
二、PCR 反应
建立规则以避免 DNA 加入过多,严格按照以下步骤进行:
①DNA 抽提的地方和 PCR 进行的地方及 PCR 之后走胶的地方应分开;
②所有试剂应以小量分装以保证能恒定提供无污染的试剂;
③避免重复扩增(reamplification);
④贮存只用于 PCR 操作的吸量管、吸头、试管,经常用紫外线照射;
⑤连续进行 PCR 操作,应严格按以下步骤进行;
⑥在样品制备及 PCR 进行的全过程,应戴手套操作;
⑦应包括相应的对照反应,内对照、阳性对照、阴性对照及水溶液对照。
1. 用以下溶液对每个样品进行二次测定
仅用于样品:1 μl NTPs,1 μl Myco-5',1 μl Myco-3',1.5 μl 10× PCR 缓冲液,9.5 μl 蒸馏水。
用于样品和内对照 DNA:1 μl NTPs,1 μl Myco-5',1 μl Myco-3',1.5 μl 10× PCR 缓冲液,8.5 μl 蒸馏水,1 μl 内对照 DNA,事先混合后贮存多份样品,三个样品用于无内对照反应(包括阳性、阴性及水溶液反应),两个样品用于有内对照反应,包括阳性、阴性对照,总体积要富余一些以弥补吸取过程的损失。
2. 将 14 μl 已混合好各种贮备液加入到 0.2 ml PCR 反应管,加入 1 μl 蒸馏水用作水对照反应。
3. 制备多聚酶混合液(每个反应 10 μl,再加额外 10 μl,以保证吸取足够量)。每个反应中含有 1 份 PCR 缓冲液和 1 单位 Taq 多聚酶。
4. 移去所有用于制备事先混合贮备液的试剂。
5. 取出欲测试 DNA 样品和阳性对照 DNA ,不要同时处理试剂和样品。
6. 加 1 μl DNA 制备液至一个不包含内对照 DNA 反应管内,另加 1 μl DNA 制备液至一个包含内对照 DNA 反应管内。
7. 进行热启动 PCR,将反应混合物(未加多聚酶)转移至加热反应器中,依照下面步骤进行一个加热周期;
步:95°C,7 min;
第二步:72°C,3 min;
第三步:65°C,2 min;
第四步:72°C,5 min 。
在第二步时,打开加热器盖子,加入 10 μl 多聚酶混合液至每个管内,如有许多样品则操作时间可能延长。打开或关闭反应管应分开进行,以避免样品的挥发。在继续进行下个周期步骤,在加入 Taq 多聚酶至后一个反应管和关闭加热器盖至少应有 30 s 以平衡温度以及移去盖上冷凝物。
8. 在开始笫一个周期后,按照以下参数进行 32 个加热周期:
笫一步:95°C,4 s;
笫二步:65°C,8S;
笫三步:72°C,16s;
每个周期再另外延 1 s 。
9. 72°C,10 min 完成后的扩增步骤,结束反应,然后将样品冷却至室温。
10. 制备一个含有 0.3 μl 溴化乙啶 /ml 的 1.3% 琼脂糖-TAE 胶,胶上用 1×TAE (50× TAE(Tris 醋酸 EDTA): 2 mol/L Tris 基液,5.71% 冰醋酸(V / V),100 mmol/L EDTA,调节 pH 至 8. 5)覆盖,每孔加入 12 μl 扩增产物(10 μl 反应混合物,2 μl 6× 加样缓冲液(6× 加样缓冲液:0.09% (W / V),溴酚蓝,0.09% (W / V)二甲苯蓝FF,60 % 甘油(V / V ),60 mmol/L EDTA)),10 V/cm 开始电泳。
11. 紫外线扫描显示特异产物,记录扩增结果。