琼脂糖凝胶电泳仪是以琼脂糖凝胶作为载体的电泳，广泛用于核酸研究。琼脂糖凝胶属于大孔胶，可分析分子量为107的大分子，这种大孔特性有利于免疫电泳和微量制备。

琼脂糖形成凝胶后孔径的大小取决于琼脂糖凝胶浓度，琼脂糖凝胶浓度与平均孔径的关系如下：

一、琼脂糖凝胶浓度为0.075%时，平均孔径为800nm。

二、琼脂糖凝胶浓度为0.16%时，平均孔径为500nm。

三、琼脂糖凝胶浓度为1%时，平均孔径为150nm。

四、琼脂糖凝胶浓度为2%时，平均孔径为20nm。

琼脂糖凝胶的浓度选择：

目的产物大小80BP的片段，你可以用2.0%的琼脂糖凝胶进行电泳，琼脂糖以及TAE的量的多少，先与你跑得样品的个数有关，因为你样品的个数决定了你胶槽的体积，胶槽的体积决定了你的TAE的量，决定了琼脂糖的量，比如说你胶槽的体积是20ml, 那么你要配2.0%的胶，就需要20ml的TAE和0.4g的琼脂糖。

做胶的时候要注意一定要让琼脂糖充分溶解，可以煮沸，同时也要注意煮沸的过程中TAE的蒸发，我次做胶的时候，用烧瓶煮沸差点都蒸发光了；再就是加EB的时候以不烫手为标准，因为高于70度时EB会升华蒸发，过于冷却了会使EB的浓度不均；因为EB为致癌物质，所以操作时一定要注意做好自我保护；再就是胶槽要洗干净，梳齿一定要放正，免得跑出来的带不整齐。

跑胶的时间和电压成反比，电压和电泳槽两个电之间的距离成正比，一般是小于5V/cm. 因为你的片段很小，所以很有可能和引物二聚体无法区分，所以你再跑电泳时时间应该适当延长一些，可以使溴芬兰指示条带跑过胶的2/3处，因为时间长了，因物二聚体就会跑没了，而目的产物不会。