细胞培养基灭菌的方式分为高压灭菌和膜过滤除菌，不同的培养基由于其营养成份不同，灭菌方式也可能不同。

某些培养基（如MEM）可进行高压灭菌，这类培养基一般不含有L-谷氨酰胺和碳酸氢钠，一般是在培养基高压灭菌后才加入。另外可用耐高压的谷氨酸盐（如L-丙氨酰-L-谷氨酰胺）代替L-谷氨酰胺。可高压灭菌的培养基在121℃、15 psi，15分钟的条件下完全可达到灭菌效果及营养成分的小损失，不需将灭菌时间延长。

绝大多数细胞培养基不适宜高压灭菌。因培养液中常含有维生素、蛋白质、多肽、生长因子等物质，这些物质在高温或射线照射下易发生变性或失去功能，因而上述液体多采用过滤消毒以除去细菌。可供过滤灭菌使用的滤膜很多，其材料多为polyethersulphone（PES）、尼龙、多聚碳酸盐、醋酸纤维素、硝酸纤维素、PTFE、陶瓷等。膜过滤除菌是当较为常用及便捷的一种方法，常采用0.2 μm孔径的滤膜，部份采用0.1 μm孔径。与高压过滤方式相比，滤膜具有使用期限且价格较高，但对细胞培养基的营养成份破坏性较小。

细胞培养基存储注意事项

通常液体细胞培养基避免-20 ℃冻存，因为解冻时可能会有营养成份析出，影响培养效果。正常情况下于2 ~ 8 ℃避光保存，使用从冰箱取出，放入室温进行平衡。通常的液体培养基有效期是6个月到12个月。液体细胞培养基尽量避免长期贮存，其中的谷氨酰胺会随着储存时间的延长而慢慢分解，如果细胞生长不良，可考虑检测培养基中的谷氨酰胺含量确定是否再补加谷氨酰胺。市售商业化液体细胞培养基有具体的有效期，对于使用干粉细胞培养基自行配制成液体以后，也应低温（2 ~ 8 ℃）贮存。除培养基中如谷氨酰胺易降解之外，培养基中的其他成份随着温度的升高也可能会发生降解或是析出。